解答
決算期内に購入した車両についてはその中に含まれる消費税額は控除できます。
返済中の金額や元本にも影響しません。
また、減価償却費の計上の有無も関係ありません。
たとえば 5月決算ですと、昨年の6/1〜5/31までの間に購入した固定資産
車両ならば納車された日となります)に付き含まれる消費税額は控除できます。
例 車両本体価格 3,000,000円 このうち消費税が含まれる分は控除
納車費用等 消費税がかかる部分は控除できます。
取得税、各種印紙、重量税、自賠責保険などの非課税分は消費税がかかってないので該当しません。
会計プログラムを使っているのでしょうから、自動車購入の契約書や請求書より
課税部分、非課税部分等に金額をわけて通常は仕訳入力します。
決算が終わっていて消費税の申告書を提出していたのなら、更正の請求をして税金を取り戻してください。